안드레스 보니파쇼는 1863년 11월 30일 마닐라 톤도의 한 가난한 오두막 집에서 태어났다. 안드레스 보니파쇼의 아버지는 산티아고 보니파쇼라는 한 평민이었고 어머니는 카탈리나 데 카스트로라는 여인이었다.
5남매 중 장남으로 태어난 안드레스 보니파쇼는 거의 교육을 받지 못했으나 많은 책을 읽으며 독학했다. 14세에 부모를 여의고 4명의 동생을 부양해야 했던 그는 길거리에서 손수만든 부채와 지팡이를 팔거나 포스터를 그리고, 심부름일을 하면서 어렵게 생계를 꾸려나갔지만 그의 능력을 인정받은 보니파쇼는 후에 카티푸난 혁명의 창시자가 되었다.

수많은 애국적인 글을쓰고 호세리잘이 처형되기 전에 남긴 마지막 작별의 글을 타갈로그로 번역했다. 1896년 카티푸난이라는 혁명조직을 창설하고 그해 8월 26일 필리핀 독립을 선언했다. 1896년 8월 30일 산후안 전투를 시작으로 반 스페인 유혈혁명을 시작했으나 29차례에 걸친 반 스페인 전투에서 모두 패하는 결과를 직면했다. 그러나 에밀리오 아귀날도라는 젊은 카티푸난 혁명지도자는 혁명전투에서 많은 승리를 거두어 필리핀 국민들의 지지를 얻고 혁명정부의 초대 대통령으로 선출되었다.

그러나 이러한 결과에 불복하고 자신이 혁명의 최고 지도자임을 내세우며 독자적인 혁명운동을 전개하려던 보니파쇼는 아귀날도의 혁명정부군에 의해 체포되어 1897년 5월 10일 분티스 산에서 그의 동생과 함께 총살당했다. 보니파쇼의 부인은 칼로오칸 출신의 아름다운 여인인 그레고리아 데 헤수스였다.