아폴리나리오 마비니는 1864년 7월 23일 바탕가스의 탈라가에서 이노센시오 마비니와 디오니시아 마라난의 둘째아들로 태어났다. 어릴적에 할아버지와 어머니로부터 글쓰기와 읽기를 배운 그는 어린나이에 심플리시오 아벨리노 초등학교를 심부름꾼, 잡부등을 하며 고학으로 졸업했다.

그 후 고등학교를 우수한 성적으로 졸업한 마비니는 마닐라의 산후안 데 레트란 단과대학에 입학하여 세계사를 전공하고 우수한 성적으로 졸업했다. 졸업 후 잠시 교사생활을 하던 마비니는 공부를 더 하고싶은 욕심에 1888년 산토 토마스 대학에 입학하여 법학을 전공했다. 1896년 마비니는 열병에 걸려 몸에 마비증상이 왔고 신체적인 결함으로 인해 마비니는 혁명운동당시 활동적인 부분을 담당하지는 못했으나 혁명 제 2단계에서 매우 중요한 두뇌와 같은 역할을 했다.

혁명정부를 구상하고 아귀날도 정부의 국무총리와 외무부장관 역할을 해낸 그는 1899년 8월 혁명국회에서 대법원장으로 선출되었다.

그러나 1899년 12월 미 당국에 의해 체포, 투옥되었고 1900년 10월 3일 풀려났다. 그 후 작은 오두막 집에서 정치기사를 작성하며 근근이 생계를 유지하였으나 미국정부에 협조하지 않는다는 이유로 1901년 괌으로 유배되어갔다. 1903년 2월 마비니는 필리핀으로 다시 돌아올 수 있었지만 같은해 5월 13일 콜레라로 39세의 젊은 나이에 사망했다.